Het Museum van de Kathedraal en de crypte van de Sint Rufino werd opgericht in 1941. Bezoekers kunnen hier zien dat de verschillende archeologische overblijfselen, mooie schilderijen, capitols, en religieuze gewaden. Aan het einde van de reguliere museum tour is er een bezoek aan de 11e eeuw crypte van de Sint Rufino, die direct onder de kathedraal gevel. Hier zijn er fresco's uit de 12de eeuw, alsmede een Romeinse sarcofaag die werd gebruikt voor het begraven van de heilige.