Das Museum ist Teil der Basilika des Heiligen Franziskus komplex. Es ist die Heimat von vielen Gemälden, Skulpturen aus Holz, mittelalterliche glasierte Majolika, Elfenbeinarbeiten, Textilien, Gold-, und Wandteppiche. Auch hier ist die Sammlung von Fred Mason-Perkins (1874-1955), einem amerikanischen Kunstkritiker, verließ seine private Sammlung der Kunst des Heiligen Kloster von St. Franziskus. Die Sammlung besteht aus 57 Werken von Autoren aus unterschiedlichsten Schulen wie die Siena, Florentiner, Venezianische, Veronese und Emiliana, die stammen aus dem 14. und dem 16. Jahrhundert.