Das Kloster von St. Klara und der angrenzenden Kirche wurde 1257 begonnen, drei Jahre nach dem Tod des Heiligen. Die Fassade ist von alternativen Streifen von weißen und rosa Stein und hat großen Bögen auf beiden Seiten. Im Inneren gibt es ein einziges Schiff, ein Querschiff und eine polygonale Apsis. Es ist ein hölzernes Kruzifix bleibt in der Cappella del Crocifisso, die Legende sagt, sprach nach St. Francis in San Damiano, ihn zu reparieren Bestellung der Kirche. Hinter dem Feuerrost sind Reliquien des heiligen Franziskus und der Hl. Klara und in eine Kapelle 14. Jahrhundert ist ein Fresko von Puccio Capanna.