Am 17. Juli 1228 legte Papst Gregor IX der erste Stein des Unteren Basilika des Heiligen Franziskus. Die Krypta ist erreicht, auf halbem Wege entlang, die das Schiff eine Treppe hinunter. Hier ruht die sterblichen Überreste des Heiligen Franziskus, die sich erst 1818 entdeckt. Es ist ein schönes 15. Jahrhundert gotischen Fresko der "Madonna della Salute mit dem Heiligen Antonio Abate, Francis und Rufino", von Ceccolo di Giovanni. Ebenfalls bemerkenswert sind die hohen alter von 1230 und dem 14. Jahrhundert Vordach. Die fabelhafte Kirchenschiff Wände haben einen Zyklus von 34 Episoden aus dem Alten und Neuen Testament.